Al termine dell'esame di selezione delle Forze di Difesa, un misterioso kaiju umanoide fa tornare in vita un grosso honju già soppresso, mettendo in pericolo Kikoru Shinomiya e gli altri esaminandi. Per la ragazza la situazione si fa davvero disperata, ma in quel momento davanti all'enorme creatura compare Kafka Hibino trasformato in kaiju! Chi o cos'era il mostro apparso dal nulla, e qual era il suo obiettivo?